自然科学总论 类型
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95千字 字数
2023-09-01 发行日期
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主编推荐语

本书重点研究了mRNA与LncRNA之间的基因调控。

内容简介

本书以面向鼻咽癌的LncRNA和mRNA基因共表达网络为主要研究对象和研究背景，基于张量分解工具对异构信息网络的聚类问题进行研究；

提出了基于张量的异构信息网络建模方法、一般网络模式的异构信息网络聚类模型、稀疏性约束下的异构信息网络聚类模型、动态异构信息网络中的混合多类型社团发现模型；

并在此基础上利用这些异构信息网络分析方法，深入研究LncRNA和mRNA的表达水平和调控关系，从而为后续鼻咽癌的监测和治疗提供依据并奠定基础。

目录

  • 版权信息
  • 内容简介
  • 前言
  • 第1章 绪论
  • 第2章 基于张量的异构信息网络建模方法
  • 2.1 异构信息网络
  • 2.2 张量代数的基本概念
  • 2.2.1 Hadamard积、Kronecker积和Khatri-Rao积
  • 2.2.2 张量的矩阵化、张量与矩阵的n模乘
  • 2.2.3 内积、外积和Frobenius范数
  • 2.2.4 张量分解
  • 2.3 基于张量的异构信息网络建模
  • 2.4 本章小结
  • 第3章 LncRNA-mRNA基因共表达异构信息网络构建
  • 3.1 引言
  • 3.2 基因共表达网络建模基础
  • 3.2.1 基因共表达网络的相关概念
  • 3.2.2 异构信息网络的相关概念
  • 3.3 数据采集
  • 3.3.1 临床样本采集
  • 3.3.2 组织RNA的提取、cDNA合成与标记
  • 3.3.3 芯片选择、杂交及图像采集
  • 3.4 LncRNA-mRNA基因共表达网络
  • 3.4.1 基于表达谱的mRNA聚类
  • 3.4.2 鼻咽癌中差异表达LncRNA和mRNA的筛选
  • 3.4.3 差异表达的LncRNA和mRNA的染色体定位富集
  • 3.4.4 LncRNA-mRNA基因共表达网络构建
  • 3.5 LncRNA和mRNA基因共表达模块发现
  • 3.5.1 共同miRNA结合位点鉴定鼻咽癌中竞争性内源RNA基因共表达模块
  • 3.5.2 基于信号通路的LncRNA-mRNA基因共表达模块
  • 3.5.3 IPA整合分析获得核心转录调控因子驱动的LncRNA-mRNA基因共表达模块
  • 3.6 LncRNA和mRNA基因共表达分析与讨论
  • 3.7 本章小结
  • 第4章 基于遗传算法的基因共表达网络社团结构发现
  • 4.1 引言
  • 4.2 理论基础
  • 4.2.1 复杂网络与社团划分
  • 4.2.2 社团划分评价指标
  • 4.3 CDGA算法描述
  • 4.3.1 初始化种群
  • 4.3.2 CDGA算法中的遗传算子
  • 4.4 社团划分实验结果与分析
  • 4.4.1 小规模测试网络实验
  • 4.4.2 真实数据集实验
  • 4.4.3 本章小结
  • 第5章 基于一般网络模式的鼻咽癌基因共表达网络聚类
  • 5.1 引言
  • 5.2 基于张量分解的聚类框架
  • 5.2.1 基于TUCKER分解的聚类模型
  • 5.2.2 STFClus算法
  • 5.3 基于TUCKER分解的聚类模型分析
  • 5.3.1 基于TUCKER分解的聚类模型的可行性分析
  • 5.3.2 STFClus的收敛性分析
  • 5.3.3 STFClus的性能分析
  • 5.3.4 STFClus的初始化方法
  • 5.3.5 STFClus的时间复杂度分析
  • 5.4 实验与结果分析
  • 5.4.1 实验设置
  • 5.4.2 模拟数据集上的实验
  • 5.4.3 真实数据集上的实验
  • 5.5 本章小结
  • 第6章 稀疏性约束下鼻咽癌基因共表达网络聚类
  • 6.1 引言
  • 6.2 稀疏性约束下的LncRNA-mRNA基因共表达网络聚类框架
  • 6.2.1 基于CP分解的LncRNA-mRNA基因共表达网络聚类模型
  • 6.2.2 随机张量梯度下降算法
  • 6.3 基于CP分解的聚类模型分析
  • 6.3.1 基于CP分解的聚类模型的可行性分析
  • 6.3.2 随机张量梯度下降算法的收敛性分析
  • 6.3.3 利用张量的稀疏性加速运算与时间复杂度分析
  • 6.4 实验与结果分析
  • 6.4.1 实验设置
  • 6.4.2 模拟数据集上的实验
  • 6.4.3 真实数据集上的实验
  • 6.5 本章小结
  • 第7章 动态异构信息网络中的混合多类型社团发现
  • 7.1 引言
  • 7.2 基于张量分解的混合多类型社团发现框架
  • 7.2.1 基于CP分解的社团发现模型描述
  • 7.2.2 二阶随机张量梯度下降算法
  • 7.3 基于CP分解的混合多类型社团发现模型分析
  • 7.3.1 动态异构信息网络中新旧对象的更替
  • 7.3.2 SOSComm算法的在线部署
  • 7.3.3 SOSComm算法的时间复杂度分析
  • 7.4 实验与结果分析
  • 7.4.1 实验设置
  • 7.4.2 模拟数据集上的实验
  • 7.4.3 真实数据集上的实验
  • 7.5 本章小结
  • 附录A 鼻咽癌中差异表达LncRNA基因芯片原始结果
  • 附录B 鼻咽癌中差异表达mRNA基因芯片原始结果
  • 参考文献
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出版方

电子工业出版社

电子工业出版社成立于1982年10月，是国务院独资、工信部直属的中央级科技与教育出版社，是专业的信息技术知识集成和服务提供商。经过三十多年的建设与发展，已成为一家以科技和教育出版、期刊、网络、行业支撑服务、数字出版、软件研发、软科学研究、职业培训和教育为核心业务的现代知识服务集团。出版物内容涵盖了电子信息技术的各个分支及工业技术、经济管理、科普与少儿、社科人文等领域，综合出版能力位居全国出版行业前列。