纵然有了合适的数学模型和充足的存储材料，计算本身也是一个问题。计算机运算时，会消耗一定的时间和空间资源。计算对象数量增长时，所消耗的资源也将随之增长，且增长的速度通常情况下远快于计算对象，以至在有限的时间和空间内，建构一个完美的数字世界成为不可能完成的任务。这也是天气预报至今都无法很准的核心原因之一 —— 理想情况下，应把每个物体乃至粒子的状态纳入运算，但倘若如此，为了得到第二天的天气预报，需要的计算时间比宇宙年龄还长。于是只能用 “简化的运算” 来得到 “近似的结果”，天气预报也就不太准了。而对于数字生命来说，“近似的结果” 显然还不够，谁也不想在数字世界中面对满是马赛克的天空。更先进的计算方法有助于提升运算的效率，但至少目前为止，现有的运算效率还不能满足数字生命的需要。